Badania dotyczące poznania tajników mikrobiomu jelitowego zwierząt towarzyszących są zakrojone na szeroką skalę. Wiemy już coraz więcej o wspomaganiu “dobrych bakterii”, a tym samym pomaganiu w funkcjonowaniu jelit i wsparciu odporności. Firmy zajmujące się badaniami mikrobiomu uważają, że uzyskana wiedza będzie miała ogromny wpływ na transformację dietetyki i medycyny weterynaryjnej, w kierunku działań bardziej “szytych na miarę” potrzeb danego zwierzęcia i poprawiających długość oraz jakość życia. Można tego dokonać dzięki użyciu badań mikrobiomu jako narzędzia diagnostycznego  i dalej np. poprzez modyfikację składników diety w celu wsparcia wzrostu określonych gatunków czy rodzin bakterii, których potrzebuje dany osobnik.